Com vida pacata durante a maior parte do ano, Atafona vê sua população crescer muito durante os meses de verão. A história dá notícia de um pequeno aldeamento em São João da Barra, por volta do ano de 1622.
Um grupo de pescadores deixou Cabo Frio e seguiu para o local onde hoje está erguida a igreja de Nossa Senhora da Penha, em Atafona. Com pesca farta, o grupo resolveu ficar. O povoado foi fundado pelo pescador Lourenço do Espírito Santo.
Oito anos depois, uma tragédia deslocaria os pescadores da região para o local onde está a igreja matriz de São João Batista, na sede do município. Foi em 1630 que ocorreu a fundação do povoado de São João Batista da Paraíba do Sul.